Op deze leeftijd is zijn er verschillende oorzaken van epilepsie. Bij ongeveer de helft van de baby’s en peuters met epilepsieaanvallen, wordt er een diagnose van een epilepsiesyndroom gesteld. Van belang is het soort epilepsieaanvallen, de beginleeftijd, de ontwikkeling, het EEG en de oorzaak. Vaak kan dezelfde oorzaak een verschillend epilepsiesyndroom veroorzaken bij verschillende jonge kinderen.  Daarnaast is bij jonge kinderen de uiting van een epilepsiesyndroom vaak hetzelfde ook al is de onderliggende oorzaak bij verschillende jonge kinderen verschillend. 

Dit zorgt er dan ook voor dat de onderverdeling niet zo eenvoudig is. Op deze leeftijd is het eerder zeldzaam dat een enkele oorzaak samenhangt met een zelfde syndroom. De epilepsiesyndromen die ingedeeld worden op basis van oorzaak op jonge leeftijd, bestaan enerzijds uit syndromen met een genetische oorzaak en anderzijds uit syndromen met een aanlegstoornis van de hersenen. De syndromen met een genetische oorzaak zijn deze met veranderingen in genetische code die instaan voor het doorgeven van prikkels in de hersenen, voor verwerking van belangrijke stoffen zoals de vitamine B6 (pyridoxine afhankelijke ontwikkelings- en epileptische encefalopathie), glucose (glucose transporter 1 deficiëntie syndroom) en andere belangrijke stoffen. Bij de aanlegstoornissen van de hersenen delen we syndromen in zoals het Sturge-Weber syndroom en epilepsie bij hypothalaam hamartoom (dit geeft typisch lach-aanvallen). 

Epilepsie in een ontwikkelend brein kan een verminderd functioneren geven: de ontwikkelingsencefalopathie en de epileptische encefalopathie- dit wordt afgekort als DEE. Op basis van hoe vroeg de epilepsie ontstaat en welke aanvallen er zijn, zijn er de zuigeling DEE, de epilepsie bij de zuigeling met migrerende focale aanvallen (dwz. dat de plaats van ontstaan van de aanval en dus de kenmerken gezien bij de aanval veranderen tussen de verschillende aanvallen), de epileptische spasmes bij de zuigeling (ook gekend als syndroom van West: infantielespasmen.be) en het Dravet syndroom (dravetsyndroom.eu). 

Er zijn epilepsiesyndromen die met de leeftijd voorbij gaan, dit noemen we zelflimiterende syndromen. Zo zijn er zelflimiterend neonatale epilepsie en zelflimiterend familiale neonatale en babyleeftijd epilepsie, zelflimiterende babyleeftijd epilepsie, overgeërfde (genetische) epilepsie met koortsstuipen plus (wat wil zeggen met meer soorten aanvallen dan enkel eenvoudige koortsstuipen) en myoclone (spierschokken) epilepsie op babyleeftijd.